Plateforme de bioinformatique - ARTbio

La plateforme propose:

• un service d’analyses sur contrat (accès académique ou privé). Les utilisateurs sont accompagnés dans leurs projets d’analyse.
• des formations en compagnonnage ou collectives 
• des analyses en collaboration
• des services online mis en place en support aux chercheurs : accès web à 4 serveurs d’analyse: Mississippi (public), et Usegalaxy, Artbio et Rstudio (restreints au support des projets ARTbio) ;  accès à 2 serveurs de stockage de fichiers
• le développement de logiciels libres d’analyse bioinformatique

ARTbio accompagne ses utilisateurs dans l’analyse de leurs données issues du séquençage à haut débit (RNA-Seq, scRNA-Seq, ChIP-Seq, …).

Notre expertise inclut :

• le profilage du transcriptome, de tissus ou cellules uniques
• le profilage des petits ARNs non codants
• la détection ou la découverte de séquences virales (Metavisitor)
• l’analyse des variants génétiques dans les cancers et les maladies génétiques

Développement de logiciels informatiques et d’outils Galaxy
Formation de ses utilisateurs à l’analyse de leurs données avec le système Galaxy
Cloud Computing
Déploiement automatique d’infrastructure informatique avec Ansible
Stockage de fichiers sur serveurs distant (Nextcloud et FreeNas)

Nous proposons 4 types de prestations aux biologistes et médecins pour les accompagner dans les projets nécessitant des approches informatiques pour analyser les données:

1. Analyse informatique des données biologiques
Elle se déroule après entente contractuelle et comprend tout ou partie des activités suivantes.

• Aide à l’écriture des demandes de financements pour les projets
• Design expérimental et statistique avant collecte de données
• Utilisation d’un gestionnaire de projet Trello ou Deck
• Production de workflows d’analyses Galaxy permettant transparence et reproductibilité des résultats
• Développement des scripts et outils Galaxy ad hoc
• Exécution de l’analyse et interprétation des résultats
• Rapports d’analyses et des conclusions; participation à la rédaction des articles scientifiques découlant des projets

2. Compagnonnage
Cette formule a pour but de former les utilisateurs par la pratique. A cet effet, une prestation est réalisée en impliquant l’utilisateur compagnon dans l’analyse de ses propres données, sous la direction d’un expert de la plateforme qui se sert de l’analyse comme support d’enseignement des méthodes et pratiques. Cette analyse didactique est plus longue et demande un investissement important du compagnon. En retour celui- ou celle-ci réalise l’analyse dont il/elle a besoin, tout en acquérant une réelle autonomie dans la pratique de la bioinformatique.

3. Les services online
Nous assurons le support technique pour le déploiement et la maintenance de services web publics. Les chercheurs bénéficient ainsi en toute autonomie de:

• Un serveur d’analyse Galaxy Mississippi
• Un serveur R-Studio d’analyse R
• Un serveur de stockage de fichiers Nextcloud

4. Les actions de formation collective
Nous proposons des formations publiques à l’analyse des données génomiques dans Galaxy, ou à l’utilisation d’outils d’analyse comme R, GitHub, etc.

• Analyse informatique des données et développement d’outils informatiques sous Galaxy, R ou Python
• Formation des utilisateurs 
• Service de stockage de données (Nextcloud, FreeNas)
• Intégration Continue avec utilisation de documents partagés, de GitHub, etc.
• Cloud computing (IFB, Google, Amazon)
• Déploiement automatique de serveurs d’analyse avec Ansible 
• Développement de conteneurs Docker 
• Activités de R&D

Ouvert aux établissements privés ou publics / Devis sur demande.